Para criar o atalho dentro das categorias do linux, é preciso definir o diretório que seu programa vai ficar, definir o seu executável, definir o icone para aparecer na categoria desejada e o mais importante que é definir em qual categoria o seu programa se encontra.
Observação: Os nomes das categorias são sempre em inglês.
Depois dos requisitos acima, criar um arquivo relacionado ao nome do seu programa, e com extensão .desktop. Por exemplo: piskel.desktop
Esse arquivo tem que ser criado dentro do seguinte diretório: /usr/share/applications/
O conteúdo desse arquivo como exemplo, está logo abaixo, mas também possuo um video sobre esse mesmo tema.
[Desktop Entry] # Começamos declarando a entrada
Name=Piskel # Nome do programa
Comment=Piskel 0.14 # Coloque um comentário
GenericName=Piskel # Caso o primeiro nome der pau tem esse nome genérico
TryExec=/opt/Piskel-0.14.0-64bits/piskel # Opcional - tenta executar o executável
Exec=/opt/Piskel-0.14.0-64bits/piskel # Caminho do executável
Icon=/opt/Piskel-0.14.0-64bits/piskel.png # Icone do programa, detalhe: 512px : 512px
Terminal=false # true = "executar no terminal" ou false = "não executar no terminal"
Type=Application # Tipo da aplicação, por exemplo: é imagem ou programa
Categories=Graphics; # São categorias que existem no seu menu inicial do seu linux
StartupNotify=true # Opcional
NoDisplay=false # Opcional
#MimeType=application/octet-strea
MimeType=application/x-piskel # Serve pra fixar o tipo de aplicação - Considere Opcional
Para mais detalhes assistir na prática no vídeo abaixo: